Профессор, доктор исторических наук.

Родился в 1940г. в п. Висим Свердловской области. В 1947-57 гг. учился в г. Ново-Троицке, в средней школе № 4. В 1958-64 гг. обучался на историко-филологическом факультете ТГУ. Тема дипломной работы "Некоторые вопросы истории гражданской войны и интервенции в СССР (1917–1920 гг.) в освещении современной буржуазной историографии". В 1964г. поступил в аспирантуру, с 1966г. ассистент на кафедре истории СССР. В 1970г. защитил кандидатскую диссертацию "Американская буржуазная историография гражданской войны и интервенции в Сибири" (научный руководитель профессор М.Е.Плотникова). С 1972г. - доцент. С 1976г. по 1984г. - заместитель декана исторического факультета ТГУ. В 1989 г. защитил докторскую диссертацию «Американская дипломатическая переписка как источник по истории интервенции и гражданской войны в Сибири и на Дальнем Востоке». С 1991г. профессор, В 1991 2017 гг. - заведующий кафедрой современной отечественной истории.
В 1994г. по инициативе и при непосредственном участии С.Ф.Фоминых на историческом факультете ТГУ создается учебно-научная лаборатория «Сибирь: исторические традиции и современность», под его руководством начинается работа по составлению биографического словаря «Профессора Томского университета». В 1998г. С.Ф.Фоминых был избран в Академию гуманитарных наук (АГН). Под его научном руководстве и авторском участии был написан биографический словарь «Профессора Томского университета» (1888–2003), пять томов (7 книг) которого включают около 800 персоналий ученых. При его авторском участии и научной редакцией издан биографический словарь «Профессора медицинского факультета Императорского (государственного) Томского университета – Томского медицинского института – Сибирского государственного медицинского университета (1878-2003)». С.Ф. Фоминых входит в состав исторического совета «Сибирского медицинского журнала». По инициативе С.Ф. Фоминых на базе лаборатории в 2003г. был открыт Научно-образовательный центр "Истории высшего образования и науки Сибири", который он возглавил. С.Ф. Фоминых принял участие в написании энциклопедических изданий «Томск от А до Я. Краткая энциклопедия города (Томск, 2004) и «Энциклопедия Томской области» (Томск, 2008, 2009. Т. 1–2), для которых им написано более 100 статей. Им опубликовано более 300 работ: монографии, научные статьи, статьи-биографии, документальные публикации, учебные пособия и др. С.Ф.Фоминых входит в состав редакционного совета «Вестника Томского государственного университета» и «Сибирского медицинского журнала». Является научным руководителем музея истории ТГУ (с 1995г.) и одним из авторов экспозиции музея по истории Томского университета. С 1999г. входит в состав библиотечного совета Научной библиотеки ТГУ.