Антропологические исследования в Томском государственном университете проводятся с первых лет его существования. В конце XIX - начале XX вв. они были связаны с именами профессоров В.М. Флоринского, Н.М. Малиева и, особенно, прозектора, а затем доцента С.М. Чугунова. Первые антропологические материалы накапливались в Археологическом и Анатомического музеях университета.

В первый каталог Археологического музея включено не менее 26 черепов (Томск, 1888). К концу 90-х гг. зарегистрировано 50 (Томск, 1898).
Параллельно краниологические материалы поступали на кафедру нормальной анатомии в Анатомический музей (Н.М. Малиев, С.М. Чугунов) к концу 1895г. их насчитывалось около 111 ед. хранения (Малиев, 1896).

В государственном архиве Томской области сохранился документ от 27 мая 1889г. № 1153.
"Томскому губернатору. При раскопках Земли во время производства построек в г. Томске очень часто находятся человеческие черепа и вообще человеческие кости. Принимая во внимание, что подобные находки могут иметь научный интерес господин попечитель учебного округа просит сделать распоряжение, чтобы все вообще находимые в г. Томске при раскопках земли человеческие кости были доставляемы в Анатомический музей университета, подобно тому, как это делается в других университетских городах, с тем, чтобы экземпляры, могущие представлять научный интерес, оставлялись в Анатомическом музее, остальные были погребаемы на кладбище. Попечитель Западно-Сибирского учебного округа В. Флоринский" (ГАТО, ф. 126, оп. 1.д. 381. л. 158-158-а).

Начиная с 1887г. вплоть до 1904 г. в оба музея поступают краниологические материалы со старинных православных и татарских кладбищ, которые обнаруживались во время строительных и ремонтных работ г. Томска. Краниологические материалы Анатомического музея (черепа томских татар, сургутских хантов и некоторых других) были опубликовано С.М. Чугуновым в серии очерков "Материалы по антропологии Сибири" 1893-1904гг. Данная серия очерков до сих пор пользуется большой известностью в среде ученых антропологов.

С 1919 по 1921 гг. кабинет географии ТГУ (проф. Кафедры географии С.И. Руденко) - около 30 древних черепов (афанасьевская у с. Батени, С.А. Теплоухов, тагарская Минусинская котловина С.И. Руденко).

В 1927-1929гг. Антропологические коллекции Кабинета географии переданы в Этнолого-археологический музей ТГУ (ранее до 1923 г. Археологический музей).

В 1930 г. краниологические коллекции Анатомического музея ТГУ переданы в музей нормальной анатомии Томского медицинского института 68 ископаемых черепа в основном это сборы С. М. Чугунова.

В 1948 г. организован Антропологический музей при кафедре анатомии и гистологии университета (Н.С. Розов) - 172 черепа из них 124 переданы из музея истории материальной культуры ИФФ (с 1934 г. до этого Этнолого-археологический музей) 48 черепов из экспедиций по Чулыму 1946-1948г.

В 1958 г. на базе Антропологического музея приказом ректора ТГУ (№ 81, § 13 от 5 мая) согласно распоряжению Минвуза РСФСР был открыт кабинет антропологии. Организационно он примыкал к кафедре физиологии человека и животных БПФ ТГУ (зав. - профессор В.А. Пегель), на которой тогда работал Н.С. Розов. Заведующим кабинетом антропологии был назначен Н.С. Розов, а для кабинета была выделена штатная единица старшего лаборанта.

В том же, 1958 г. на конференции по комплексному изучению древней истории народов Западной Сибири, состоявшейся в г. Новосибирске, было принято решение о создании на основе кабинета антропологии ТГУ единого центра сбора и научной обработки антропологических материалов из археологических раскопок в Западной Сибири. В кабинет антропологии начали поступать материалы от археологов Томска, Новосибирска, Кемерово, Барнаула.В 1968 г. вместе с Музеем археологии и этнографии Сибири он вошел в состав вновь созданной Проблемной научно-исследовательской лаборатории истории, археологии и этнографии Сибири. В отличие от музея, кабинет не сохранил своего официального прежнего статуса, как особого подразделения музейного характера, однако коллекции увеличивались, и работа сотрудников кабинета антропологии продолжалась.За период с 1968 по 1994 гг. в кабинет поступили антропологические материалы от 115 археологов из 34 научных учреждений. От университетов, пединститутов, НИИ и краеведческих музее более 20 городов Западной Сибири (Томск, Новосибирск, Новокузнецк, Прокопьевск, Омск, Тюмень, Тобольск), Южной Сибири (Барнаул, Бийск, Горно-Алтайск, Абакан, Минусинск), Восточной Сибири (Красноярск, Иркутск), Урала (Екатеринбург, Сыктывкар), а также, столичных городов (Москва, Петербург), Казахстана (Усть-Каменогоск, Караганда, Петропавловск). Часть коллекций получена в результате совместных экспедиций с археологами ИИФиФ СО РАН (Новосибирск), Горно-Алтайского НИИИЯЛ, Томского, Алтайского и Уральского университетов, Красноярского краевого краеведческого музея.

Большой остеологические материал был накоплен в ходе собственных антропологических экспедиций (полный отчет, дневники, фотографии находятся в архиве кабинета антропологии) сотрудников лаборатории В.А. Дрёмова, А.Р. Кима, А.Н. Багашёва. С 1968 по 1994 гг. в процессе работы над плановой темой "Антропологический состав коренного населения Западной Сибири и проблемы его формирования" проведено более 80 экспедиционных выездов. Экспедиционные работы проведены в 72 пунктах Томской, Новосибирской, Кемеровской, Омской, Тюменской, Свердловской областей, Алтайского и Красноярского краев. В результате собран материал по 36 локальным группам коренного населения Западной и Южной Сибири (алтайцы, хакасы, шорцы, сибирские татары, чулымцы, селькупы, ханты, манси). Часть этих материалов была опубликована в 1970-1980 гг. более поздние поступления вошли в обобщающую монографию "Расогенез коренного населения" из серии "Очерки культурогенеза народов Западной Сибири" (Томск, 1998. Том.4). По объ ему материалов, вошедших в монографию, по степени их обобщенности подобная публикация в ближайшие десятилетия вряд ли возможна.

Ценность коллекций кабинета антропологии состоит в том, что они содержат палеоантропологические источники, происходящие из некрополей от Урала до Дальнего Востока, а хронологически - от эпохи неолита до современности. Если в 1968 г. в кабинете антропологии ТГУ насчитывалось около 650 черепов из древнейших и поздних могильников, то в настоящее время их число составляет 5 500, что представляет собой фундаментальную источниковую базу для изучения этно- и расогенеза народов Сибири.

Краниологические коллекции кабинета антропологии пользуются широкой известностью среди специалистов России как богатейшее собрание палеоантропологических материалов по населению Западной Сибири с древнейших времен до современности. Уникальные коллекции являются базой для научной работы антропологов из Москвы, Санкт-Петербурга, Новосибирска, Кемерово, Тюмени, Барнаула и других городов страны. В 1990-е гг. коллекции кабинета антропологии стали предметом изучения специалиста-одонтолога Элис Хойслер из Аризонского университета (США).

В настоящее время Кабинет антропологии ТГУ не просто место хранения коллекций, а постоянно действующий центр их научной обработки. Здесь производится разборка, реставрация, паспортизация, присылаемых коллекций, археологам направляются предварительные поло-возрастные определения, ведется консультативная работа. Одной из важнейших задач сотрудников кабинета антропологии на данном этапе является обработка и введение в научный оборот собранных ранее и поступающих новых краниологических и остеологических материалов. Это позволит более детально понять этапы развития аборигенных этнических обществ Западной Сибири с древнейших времен до наших дней.

Кабинет антропологии является уникальным объектом научной инфраструктуры Томского государственного университета, краниологические коллекции которого по значимости занимают третье место в стране после собраний краниологических коллекций Музея антропологии Московского государственного университета и Музея антропологии и этнографии им. Петра Великого (Кунсткамера) РАН.