Родился 18 февраля 1950 года в Москве военнослужащего. С 1965 г. жил в Томске. В 1967 году окончил томскую среднюю школу №15. После кратковременной работы электриком на заводе "Эмальпровод", в мае 1968г. был призван в армию и до августа 1970 г. проходил службу в погранвойсках на советско-китайской границе в Приморском крае.
После демобилизации до декабря 1970 г. опять работал на том же заводе слесарем-электромехаником, а затем поступил на подготовительное отделение ("рабфак") ТГУ, которое успешно окончил в 1971 году и был зачислен студентом историко-филологического факультета университета.
В 1976 г. окончил ИФ ТГУ с отличием. С 1976-1979 гг. обучался в аспирантуре ТГУ. Кандидатскую диссертацию на тему: "Левые эсеры Сибири в годы Октябрьской революции и Гражданской войны (1917-1920 гг.)" защитил в мае 1982 года. С 1989 г. имел ученое звание "доцента". В 1995-1998 гг. прошел докторантскую подготовку, но завершил её без защиты докторской диссертации.
А.А. Бондаренко являлся известным в Сибирском регионе специалистом по истории эсеровской партии в период революции 1917 г. и гражданской войны. Имел около 30 публикаций по данной проблематике. С 1 сентября 1979 г. А.А. Бондаренко работал на кафедре.
Читал общий курс истории Отечества , спецкурс по истории политических партий России в первой четверти XX в. для студентов и преподавателей.